Nagato (長門) Es el creador de Akatsuki y el que dirige las actuaciones de la misma. Tiene el anillo 零 (れい, Rei, cero/nada/exceso), y lo lleva en el pulgar derecho. Es el que inicia y supervisa la técnica que saca al Bijū de un jinchūriki capturado, invocando la gran estatua. Además, es el que realiza la técnica de cambio de forma que se usó para retener a los ninjas de Konoha en el intento de rescate de Gaara.
Tiene la habilidad de cambiar de cuerpo, de la cual aun no se sabe nada más. Su verdadero nombre es Nagato, y fue uno de los 3 niños huerfanos que fueron entrenados por Jiraiya durante 3 años. Nagato es el poseedor del mas poderoso de los 3 grandes Dōjutsu, el Rinnegan, el cual se creia que era un mito. Hasta ahora sus unicas técnicas conocidas son su habilidad para controlar la lluvia y la de cambiar de cuerpo. puede usar un jutsu que le permite detectar perturbaciones o irrupciones gracias a la lluvia que crea. Tiene la capacidad de detener o provocar ésta, como demuestra al detenerla para que Konan realice su técnica. Se revela que pertenece al clan Fūma.
La principal habilidad que poseia Nagato era poder dominar los 6 elementos gracias al rinnengan.
Otra habilidad es que puede tener varios cuerpos que pueden ver lo mismo, osea como una vision muy mejorada ya que todos pueden ver lo que ven todos, posiblemente esta habilidad es gracias al rinnengan y posiblemente el rinnegan no se limite a esto. Se desconoce lo ocurrido con Nagato desde que Jiraiya les dejó, hasta que empezó a actuar con Akatsuki, aunque éste afirma que oyó rumores de que siempre vencían a sus oponentes. Por su protector tachado, perteneció a la Aldea Oculta de la Lluvia que pasó a liderar tras acabar con Salamandra Hanzō, anterior dirigente. Al momento de su aparición, Nagato se presentaba con un cuerpo parecido al de Yahiko. Posteriormente, se traslada a uno pelirrojo que tiene un protector tachado de la Aldea Oculta de la Lluvia para su lucha con Jiraiya.
Pein (ペイン) Son seis ninjas a los cuales Nagato usa para luchar contra sus enemigos, los seis ninjas a pesar de ser de otras Aldeas usan el mismo protector ya que Nagato es de la Aldea Oculta de la Lluvia y ellos no son mas que sus titeres, se les denomina como Pein (Dolor) y cada uno posee el Rin'negan. Se le ven por primera vez en el capitulo 369 cuando uno de ellos se le ve entrando a otra habitación donde hay 5 cuerpos mas con el traje de Akatsuki y se mete en una especie de capsula, para luego cambiar de cuerpo y asi enfrentarse a Jiraiya.
En el Capítulo 379 después de una ardua pelea Jiraiya queda sorprendido cuando los 6 cuerpos de Pain incluso los que habia matado se muestran en frente de él como "Lo 6 caminos de Pein" o los "6 caminos del dolor" (Al parecer Pein viene de pain que significa dolor en ingles, Nagato siempre decia que protegeria a sus compañero no importa el dolor que debiera soportar) y entonces el cuerpo que se parece a Yahiko le dice que Pain es el nombre compartido por los 6; ahi es cuando Jiraiya nota su parecido con Yahiko (supuestamente muerto segun palabras del Pein de las invocaciones) y le reclama que por que tiene el el rinnengan y ademas nota que ninguno de los 6 cuerpos se parece a Nagato y al preguntar por quien es realmente solo le atina a decir "Somos Pein ...
Pein
El líder de Akatsuki se llama Pein (ペイン, Pein), y es el creador de la organización y el que dirige las actuaciones de la misma. Tiene el anillo 零 (れい, Rei, cero/nada/exceso), y lo lleva en el pulgar derecho. Es el que inicia y supervisa la técnica que saca al Bijuu de un jinchuuriki capturado, invocando la gran estatua. Además, es el que realiza la técnica de cambio de forma que se usó para retener a los ninjas de Konoha en el intento de rescate de Gaara
Pein es el líder de Akatsuki, el cual tiene la habilidad de cambiar de cuerpo, de la cual aun no se sabe nada. Su verdadero nombre es Nagato, y fue uno de los 3 niños huerfanos que fueron entrenados por Jiraya durante 3 años.
Aparece en persona muy brevemente al final del capítulo 329 del manga, revelando los objetivos finales de Akatsuki. Se le ve sobre una estatua en una gran ciudad, donde los edificios, aunque similares en aspecto a los de Konoha, son mucho más altos, y están cubiertos de tubos y cables. Por una portada en color se sabe que tiene el pelo naranja (capítulo 317). Es el único que ha dado órdenes a los otros miembros y ninguno se ha opuesto o le ha desafiado, salvo quizá Hidan, que incluso le insultó.
Pein es el poseedor del mas poderoso de los 3 grandes Dojutsu, el Rinnegan, el cual se creia que era un mito. Hasta ahora sus unicas técnicas conocidas son su habilidad para controlar la lluvia y la de cambiar de cuerpo.
En el capitulo 363 aparece al descubierto, mostrando múltiples piercings en los labios, la nariz y las orejas, así como un collar de pinchos en el cuello, oculto bajo el atuendo de Akatsuki. Es un ninja renegado de la aldea oculta de la lluvia, por su protector. En él se le muestra con konan, su compañera.
Llega a decir que no se debe tomar a Naruto a la ligera y que su captura (que Madara le ha ordenado) no será sencilla, pero konan comenta que aún está por llegar su primera derrota, aludiendo a que no ha sido vencido nunca.
Primeramente, habia aparecido con un cuerpo de cabello corto color naranja, 3 piercings en la nariz, y varios mas a lo largo del pabellon de las orejas. Fue hasta el capitulo 371 que Pein dio a conocer un cuerpo diferente, el cual tenia un cabello largo con un estilo parecido a el de Deidara, ojos rasgados (achinados), un largo piercing en forma horizontal que le atraviesa la nariz, otros 6 en la parte baja de la mandibula, y uno en un punto medio entre los ojos.
Konan
Konan (小南, Konan) es una chica de pelo azul con un adorno en el pelo en forma de flor, hecho de papel. Hasta donde se ha visto, acompaña a pein en la aldea oculta de la lluvia, y sigue sus órdenes. Tiene el anillo 白 (blanco).
Konan puede realizar un jutsu por el cual todo su cuerpo se descompone en multitud de hojas de papel, que luego se pliegan para crear diferentes formas mediante origami. Pein retira la lluvia que crea mientras ella realiza esta técnica. Tambien puede usar las hojas de papel y convertirlas en un par de alas, para luego disparar las hojas plegadas en forma de flechas hacia el enemigo.
Jiraiya, cuando volvía junto a tsunade y orochimaru de la guerra con la aldea oculta de la lluvia, se apiadó de 3 niños huérfanos que le pidieron que los entrenasen, entre ellos estaba Konan. Durante el etrenamiento, Konan aprende a usar el origami como arma, lanzando shurikens de papel.
Hidan
Hidan es alto, con los ojos de color violeta, y el pelo grisáceo peinado hacia atrás. Lleva el atuendo rojo y negro de Akatsuki, aunque visiblemente holgado, revelando su pecho. Lleva un colgante con un círculo con un triángulo inscrito, relacionado con sus creencias.
Su protector es similar al de la Aldea Oculta de la lluvia, pero sólo consta de tres rayas que no son horizontales como las de aquella aldea, sino inclinadas, por lo que su procedencia aún es desconocida.
Posee una inmortalidad en apariencia absoluta. Aunque le corten la cabeza, le atraviesen el corazón, o lo desmiembren, él sigue vivo, aunque es incapaz de recomponerse sin ayuda de otro. Es un fanático de la ficticia religión de Jashin, cuyo precepto es la Masacre Total.
Su arma es una gran guadaña de tres hojas cuyo mango puede alargar, aunque reconoce que su ataque es uno de los más lentos de Akatssuki. Sin embargo, el ataque principal de Hidan es mucho más elaborado. Una vez que consigue herir a su oponente, toma unas gotas de la sangre de éste de su guadaña, y empieza un ritual de sacrificio relativo a su religión, con el que maldice a su enemigo. Para ello, dibuja en el suelo un círculo con un triángulo inscrito, con su propia sangre, y su piel cambia de aspecto, volviéndose blanca y negra, y dándole un aspecto que recuerda vagamente a un esqueleto. Mientras Hidan esté dentro del círculo, cualquier daño que se haga a sí mismo o que otro le haga, se refleja automáticamente en aquel a quien maldijo al beber su sangre. Puesto que Hidan no puede morir por mucho daño que se realice en su propio cuerpo, puede conseguir con esto la muerte de cualquiera, generalmente atravesando su propio corazón, aunque a veces prefiere jugar con su presa, hiriéndose antes en otros puntos.
Saca de quicio a su compañero con sus rezos y largos rituales. Alardea a menudo y se las da de fuerte, incluso con el lider. Habla sin parar, empleando muchos tacos, y es muy impulsivo y descuidado, como Kakuzu le recuerda continuamente .
Kakuzu
Proviene de la Aldea oculta de la cascada, como acredita su protector. Tiene los ojos blancos. En Akatsuki ostenta el título de tesorero, siendo alguien que está obsesionado con el dinero, al igual que Hidan lo está con su religión. Su cuerpo parece estar hecho de muchos pedazos distintos, unidos por una gran maraña de hilos negros. Puede separar partes de éste por completo, o hacerlas extensibles mediante estos cables.
Gracias a esos hilos que maneja, Kakuzu tiene la habilidad de robar los corazones aún vivos de otros ninjas para posponer su muerte, incorporándolos, y sustituyéndolos por otros cuando estos mueren. Esta técnica le ha permitido vivir lo suficiente como para ser alguien que se ha enfrentado al Primer Hokage de Konoha, muchos años atrás. Con esto gana además la habilidad de manejar técnicas elementales, aquellas que requieren moldear el chakra conforme a un determinado elemento, pudiendo hacer, con los cuatro corazones adquiridos, además del suyo, técnicas de los cinco tipos que existen.
Tiene un carácter violento, lo cual le ha hecho matar ya a algunos de sus compañeros. Sin embargo, como le confiesa al hombre del mercado negro de recompensas, Hidan, con su inmortalidad es su compañero ideal, porque a pesar de que le pone de los nervios a menudo, no puede matarle, evitando así Akatsuki tener que estar buscando miembros nuevos para que le acompañen.
Tobi
en realidad es madara uchiha proviene de la aldea de la hoja , cuando capturaron a gaara para hacer el ritual de la estatua de los 10 pein revivio con la vida de gaara a madara conocido como tobi chiyo da su vida a gaara para que viva y tal parece que cuando revivieron a madara su alma esta en el cuerpo de obito uchiha. Cuando Zetsu y él, en calidad de subordinado, van a buscar el cuerpo de Sasori, para recuperar su anillo. Él es quien encuentra la joya, y se la apropia, diciendo que ahora que ha quedado un hueco puede entrar en Akatsuki. Una de las mitades de Zetsu se opone, pero la otra, la blanca, le apoya en esto. Finalmente sustituye a Sasori. Encontró también el brazo derecho de Deidara, pero él apareció para recogerlo antes de que Tobi pudiera hacer nada.
Tobi tiene el pelo negro, y una máscara naranja con un diseño en espiral que le cubre la cara por completo. El centro de la espiral se sitúa sobre el lugar del ojo derecho. No lleva ningún protector visible, así que no se ha podido identificar la Aldea Oculta de la que proviene.
Tiene un carácter atípico: es bromista, grita mucho, y es poco serio para ser un miembro de Akatsuki, donde los demás son peligrosos criminales y renegados. No se sabe nada de su pasado antes de su ingreso en la organización, ni siquiera de su período como agente de Zetsu. A pesar de estar siempre de pelea con Deidara por sus mal elegidos comentarios, le respeta, como demuestra al hablar con él.
Tobi es revelado como la persona que maneja Akatsuki por encima de Pein (Lider de Akatsuki) , y se nombra a sí mismo como Uchiha Madara. Esto parece echar por tierra toda posibilidad de que su identidad real sea Uchiha Obito como se especulaba anteriormente , a menos que Tobi estuviera mintiendo.
Tobi era inicialmente un subordinado de Zetsu que ocupó el lugar de Sasori tras su muerte. Más tarde, se muestra que en realidad es Madara Uchiha, y que es que verdadero líder de Akatsuki, por encima de Pein, desconociéndose si tiene sus propios planes al margen de los expuestos por Pein.
Zetsu
El misterioso Zetsu, un ninja renegado de la Aldea Oculta de la Hierba tiene el pelo verde, los ojos amarillos, y su cuerpo está dentro de una gran Venus Atrapamoscas también verde. Además, éste parece estar dividido en dos mitades bien diferenciadas, una blanca y otra negra. Parece tener un desdoblamiento de personalidad: la mitad blanca habla sólo en katakana (que podría indicar una voz robótica), mientras que el lado negro usa kanji y kana de ambos tipos. Las dos mitades pueden conversar entre sí, y a veces discutir. Tras la muerte de Sasori, no se ponían de acuerdo sobre si Tobi (un subordinado de Zetsu) debía entrar a Akatsuki para sustituirle, aunque finalmente es admitido, como sugería la mitad blanca.
No se sabe cuánto poder tiene en la organización, puesto que a veces incluso influye directamente en las decisiones del líder.
Tiene la capacidad de combinarse con la tierra y los árboles, pudiendo recorrer grandes distancias en poco tiempo. Zetsu a menudo es enviado como explorador o mensajero del líder. Además de sus habilidades como espía, también es un cazador ninja, y puede eliminar cadáveres mediante canibalismo. Tiene una visión superior, similar a la del Byakugan.
Itachi
Cuando Itachi abandona Konoha se convierte, según el libro del Bingo, como un criminal de clase-S y un ninja renegado y decide unirse a una misteriosa organización llamada Akatsuki. En esa organización, como los demás miembros, Itachi porta un anillo. El suyo lo lleva en el dedo anular de la mano derecha y tiene el símbolo 朱 (Shu/Aka/Ake,bermellón).
Los fines de esta organización y los motivos que llevan a Itachi a ella no están todavía demasiado claros, de momento sabemos que Akatsuki busca todos los bijuu y sus respectivos jinchuuriki,para así poder gobernar el mundo...
En Akatsuki Itachi va acompañado de Kisame Hoshigaki , un ninja renegado de la villa oculta de la niebla, con él llegará a Konoha tras la guerra contra Orochimaru en busca de Naruto y el kyubi.
Cuando Sasuke se entera de su retorno se decide a ir a buscarlo para matarlo y marcha tras Naruto y Jiraiya que habían ido a buscar a Tsunade. Sasuke encuentra a su hermano en una posada, pero en su encuentro no consigue más que recibir una paliza y reavivar la llama de la revancha contra su hermano, lo que le guiará a ir tras el poder que Orochimaru le ha ofrecido.
Itachi y Kisame forzados por Jiraiya se ven obligados a retirarse durante un tiempo.
Una vez iniciada la segunda parte de Naruto nos volvemos a encontrar a este misterioso personaje y su compañero cuando realizan una técnica con unos cuerpos sacrificados para hacer perder tiempo al equipo de Kakashi, que viene a recuperar a Gaara, que ha sido secuestrado por Akatsuki, para conseguir el Shukaku Ichibi encerrado dentro de él. Luego, sigue trabajando para conseguir los demás. En una reunión descubre que Orochimaru ha sido asesinado por su hermano menor Sasuke y se le recomienda que esté atento porque seguramente sea el siguiente objetivo de éste, despues en un tiempo mas adelante se enbuelve en una pelea con Naruto quien termina segando lo con el "rasengan" tecnica que le muestra Jiraya en la primer parte de naruto.
Kisame
Desde donde se sabe, Kisame e Itachi han sido compañeros en Akatsuki. Su primera aparición tiene lugar en la primera temporada, cuando va con Itachi Uchiha en busca del Kyūbi sellado en el interior de Naruto.
En este primer intento de secuestrar a Naruto para obtener al Bijū, se vieron obligados a retirarse, porque la pelea con Asuma Sarutobi, Kakashi Hatake, Yuhi Kurenai y Maito Gai amenazaba con convertirse en una guerra contra toda la aldea de Konoha, lugar donde se desarrolló. En esta lucha, Kisame descargó su espadón contra Asuma, dando a conocer su peculiaridad.
En una segunda aparición, intentan capturar a Naruto mientras viajaba con Jiraiya. El sannin llegó a tiempo e invocó el estómago de un sapo de las montañas para dejar atrapados a los dos miembros de Akatsuki. Itachi sin embargo mostró una técnica basada en fuego negro que fue capaz de abrir un agujero en las paredes, y permitirles escapar.
Aunque no ha vuelto a luchar desde entonces en el desarrollo de la serie, cuando se estaba realizando la extracción de Shukaku a Gaara prestó un tercio de su chakra para que el líder recreara su aspecto en uno de sus secuaces (un ninja de la Aldea Oculta de la Arena), de tal forma que puediera retrasar a Maito Gai y su equipo. Mediante esta técnica de cambio de forma, el espía pudo adoptar el aspecto y las habilidades de Kisame, pero era controlado por él, y dado que sólo contaba con una parte de su fuerza, fue finalmente derrotado.
Tras la derrota de Orochimaru a manos de Sasuke, se perfila como el objetivo de Suigetsu, junto con su espada Samehada. Menciona que le conoció diez años antes, y que se decía que era el sucesor de Zabuza el demonio.
Sasori
Aunque normalmente se oculta dentro de una marioneta mayor, Hiruko, su verdadero cuerpo es una marioneta en sí mismo. Ojeroso pero con apariencia de niño angelical, tiene sin embargo un mínimo de 30 años. Su color de pelo es el naranja rojizo y el de sus ojos el miel. (Según la portada del manga y la imagen de ranking de Shōnen Jump) Su cuerpo no es ya humano más que en una pequeña proporción. Experimentando, consiguió convertirse a sí mismo en una marioneta casi por completo, por lo que su cuerpo es mecánico y artificial. La única parte viva está en un contenedor con el kanji Sasori que sobresale de su pecho. No puede desprenderse de él porque necesita tejido vivo para generar chakra, aunque su verdadero objetivo era convertirse por completo en una marioneta y así garantizarse la inmortalidad. Al ser el artificial, esta dividido en piezas, además de tener múltiples trampas ocultas. En su estómago guarda una gran extensión de cuerda con un gancho al final. En su personalidad, es soberbio, galante y elegante.
Deidara
Deidara es un hombre alto con los ojos azules y el pelo rubio, peinado de tal forma que le tapa el lateral izquierdo de la cara. Su principal peculiaridad es que en cada palma de sus manos tiene una boca humana, con dientes y lengua, que escupe arcilla. Con esta arcilla, Deidara lleva a cabo su principal técnica: la creación de animales de arcilla cargados de chakra que se mueven como si fueran reales a voluntad de él, y que a su orden pueden explotar con gran potencia.
En su ojo izquierdo lleva una mirilla telescópica para poder ver con precisión lo que ocurre a distancia.
Deidara considera que el verdadero arte es aquello efímero, como sus animales de arcilla, que acaban su existencia en una gran explosión. Por esto mantuvo muchas discusiones con Sasori, al que a pesar de todo apreciaba, por ser un artista como él, aunque de lo eterno, en lugar de lo efímero.
Su siguiente compañero en Akatsuki es Tobi, alguien que le pone de los nervios. Deidara ve a éste como alguien poco serio como para estar en la organización, como fuera de lugar junto a toda esa gente silenciosa y despiadada. La costumbre de Tobi de hablar a gritos, y la forma extrovertida de expresarse, unido a sus inoportunos comentarios hacen que en muchas ocasiones Deidarase enfade con él,entrando en peleas, la mayor parte de las veces cómicas, aunque en otras, como tras la captura de Sanbi, la toma con él a bombazos.
Pein 
